IDENTIFIKASI FARMAKOFOR 

      Farmakofor adalah deskripsi abstrak dari fitur molekuler yang diperlukan untuk pengenalan molekuler ligan oleh makromolekul biologis. IUPAC mendefinisikan farmakofor sebagai "sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekul optimal dengan target biologis spesifik dan untuk memicu (atau menghalangi) respons biologisnya". Model farmakofor menjelaskan bagaimana ligan struktural yang beragam dapat berikatan dengan situs reseptor yang umum. Selanjutnya, model farmakophore dapat digunakan untuk mengidentifikasi melalui desain de novo atau ligan novel skrining virtual yang akan mengikat reseptor yang sama.

Ada beberapa ikatan yang mendasari identifikasi farmakofor, yaitu :

a.      Ikatan Kovalen

Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.

b.      Ikatan ion

Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.

c.       Ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.

Contoh : H2O

d.       Ikatan Van Der Waal’s

Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.

Daftar Pustaka

http://belajarkimiamedisinal.blogspot.co.id/

https://www.scribd.com/document/342747238/Farmakofor

Pertanyaan :

1. Bagaimana cara mengidentifikasi Farmakofor ?

2. Apa fungsi Farmakofor ?

Aterosklerosis dan Antihiperlipidemia

Aterosklerosis dan Antihiperlipidemia 

Aterosklerosis adalah penyempitan dan penebalan arteri karena penumpukan plak pada dinding arteri. Penumpukan plak tersebut terjadi saat lapisan sel pada dinding dalam arteri (endothelium) yang bertugas menjaga kelancaran aliran darah mengalami kerusakan.

Plak yang menyebabkan aterosklerosis terdiri dari kolesterol, zat lemak, kalsium, dan fibrin (zat dalam darah).  Plak dapat terbawa aliran darah hingga menyebabkan penyumbatan, atau membentuk bekuan darah pada permukaan plak. Hal tersebut menyebabkan peredaran darah dan oksigen dari arteri ke organ tubuh terhambat.

Gejala aterosklerosis baru akan terasa ketika arteri sudah sangat menyempit dan menghambat peredaran darah menuju  jaringan atau organ tubuh. Gejala yang muncul tergantung pada lokasi terjadinya ateriosklerosis, di antaranya:

• Aterosklerosis pada tangan dan kaki, menimbulkan nyeri saat berjalan (klaudikasio).
• Aterosklerosis pada ginjal; menyebabkan gagal ginjal dan tekanan darah tinggi.
• Aterosklerosis pada jantung; menyebabkan nyeri dada (angina).
• Aerosklerosis pada otak; mengakibatkan tangan dan kaki lemah atau kaku, kesulitan bicara, otot wajah melemah, atau kehilangan penglihatan sementara pada salah satu mata

Hiperlipidemia adalah suatu kondisi  kadar lipid darah yang melebihi kadar normalnya. Hiperlipidemia disebut juga peningkatan lemak dalam darah dan karena sering disertai peningkatan beberapa fraksi lipoprotein, disebut juga hiperlipoproteinemia. Hiperlipidemik dapat berupa hiperkolesterolemia dan hipertrigliseridemia.

Lemak (disebut juga lipid) adalah zat yang kaya energi, yang berfungsi sebagai sumber energi utama untuk proses metabolisme tubuh. Lemak diperoleh dari makanan atau dibentuk di dalam tubuh, terutama di hati dan bisa disimpan di dalam sel-sel lemak untuk digunakan di kemudian hari. Sel-sel lemak juga melindungi tubuh dari dingin dan membantu melindungi tubuh terhadap cedera. Lemak merupakan komponen penting dari selaput sel, selubung saraf yang membungkus sel-sel saraf serta empedu. Dua lemak utama dalam darah adalah kolesterol dan trigliserida. Lemak mengikat dirinya pada protein tertentu sehingga bisa larut dalam darah; gabungan antara lemak dan protein ini disebut lipoprotein. 

Daftar Pustaka 

Anonim.2010. Kolesterol.http://www.klikdokter.com/kolesterol/read/2010/07/23/150/kolesterol-adalah. [diakses 20 Desember 2012, 15.52 WIB]

Katzung, Bertram. 2001. Basic and Clinical Pharmacology 8th ed . McGraw- Hill Company Inc

Co

 Pertanyaan :

1. Apa penyebab Aterosklerosis ?

2. Penyakit apa yang berhubungan dengan Aterosklerosis ?

3. Bagaimana cara mencegah penyakit Antihiperlipidemia  & Aterosklerosis?

kimia medisinal, peptida dan peptida matrik

PEPTIDA DAN PEPTIDA MATRIK

Peptida merupakan molekul yang terbentuk dari dua atau lebih asam amino. Jika jumlah asam amino masih di bawah 50 molekul disebut peptida, namun jika lebih dari 50 molekul disebut dengan protein. Asam amino saling berikatan dengan ikatan peptida. Ikatan peptida terjadi jika atom nitrogen pada salah satu asam amino berikatan dengan gugus karboksil dari asam amino lain. Peptida terdapat pada setiap makhluk hidup dan berperan pada beberapa aktivitas biokimia. Peptida dapat berupa enzim, hormon, antibiotik, dan reseptor. 

Suatu peptida ialah suatu amida yang dibentuk dari dua asam amino atau lebih. Ikatan amida antra suatu gugus a-amino dari suatu asam amino dan gugus karboksil dari asam amino lain disebut ikatan peptida. Contoh peptida berikut yang dibentuk dari alanina dan glisina, disebut alanilglisina, menggambarkan suatu ikatan peptida.

Tiap asam amino dalam suatu molekul peptida disebut suatu satuan (unit) atau suatu residu. Alanilglisina mempunyai dua residu : residu alinina dan residu glisina. Bergantung pada banyaknya satuan asam amino dalam molekul itu, maka suatu peptida dirujuk sebagai dipeptida, suatu tripeptida, dan seterusnya.

Daftar Pustaka

Online. http:// Asam Amino/Sifat-sifat Asam Amino|. (Diakses 23 April 2012)

       Patta, Muis.  2011. Kimia Organik Sekolah Menengah Analis Kimia. Makassar.

Pertanyaan :

1. Bagaimana menganalisis peptida ?

2. Apa fungsi peptida dalam tubuh ?

3. Apakah semua asam amino mempunyai ikatan peptida ?

RAPID: (Randomized Pharmacophore Identification For Drug Design)

RAPID: (Randomized Pharmacophore Identification For Drug Design)

             Obat adalah sediaan atau paduan-paduan yang siap digunakan untuk mempengaruhi atau menyelidiki secara fisiologi maupun keadaan patologi dalam rangka penetapan diagnosa, pencegahan, penyembuhan, pemulihan, peningkatan kesehatan dan kontrasepsi. Obat terdiri dari bahan tunggal atau campuran yang dipergunakan oleh semua makhluk  untuk bagian dalam dan luar tubuh guna mencegah,meringankan,dan menyembuhkan penyakit.

Reseptor obat adalah suatu makromolekul jaringan sel hidup, mengandung gugus fungsional atau atom-atom terorganisasi, reaktif secara kimia dan bersifat spesifik, dapat berinteraksi secara reversibel dengan molekul obat yang mengandung gugus fungsional spesifik, menghasilkan respons biologis yang spesifik pula.

Farmakofor merupakan posisi geometrik tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat di dalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung-jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut (Thomas, 2007). 

            Sebuah farmakofor didefinisikan sebagai susunan 3D fitur yang sangat penting untuk molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor target dalam situs pengikatan tertentu. Setelah diidentifikasi, farmakofor dapat berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual, terutama dalam kasus dimana struktur 3D dari reseptor tidak diketahui dan teknik docking yang tidak berlaku.

           Struktur 3D Mendefinisikan posisi relatif di ruang kelompok pengikat penting.


Daftar Pustaka 
Thomas, E, et al. 2007. Identification and Preiminary Structure Activity Relationship.

                                         Journal Of Natural Product.Vol 7 (8) :1278-1282).

Pertanyaan :

1. Bagaimana cara mengidentifikasi farmakopor ?

2. Apa perbedaan dari struktur 2D dengan 3D farmakopor ?

3. Apa saja ikatan yang mendasari identifikasi farmakopor ?

4. Bagaimana peran dari studi farmakopor ?